Alat panen yang diperlukan: cangkul, garpu tanah, atau pisau tajam. Sebelum memanen, siram tanah sehari sebelumnya agar gembur dan memudahkan penggalian. Gali tanah di sekitar rumpun dengan hati-hati, jangan sampai melukai rimpang. Angkat seluruh rimpang beserta akarnya, lalu pisahkan rimpang induk dan anakan. Rimpang yang akan dikonsumsi atau dijual harus dibersihkan dari tanah dan akar serabut, lalu dicuci dengan air bersih. Hindari mencuci terlalu lama karena bisa mengurangi aroma. Untuk penyimpanan, rimpang segar bisa disimpan di tempat teduh dan kering selama 1-2 minggu, atau di dalam kulkas (suhu 10-15°C) hingga 1 bulan.
Produktivitas lempuyang bervariasi tergantung perawatan. Rata-rata hasil panen per rumpun sekitar 0,5-1 kg rimpang segar. Pada lahan 1 hektar dengan jarak tanam 50x50 cm, potensi hasil mencapai 5-10 ton rimpang segar. Setelah panen, rimpang perlu dijemur atau dioven pada suhu 40-50°C hingga kering (kadar air sekitar 10%) untuk bahan baku jamu atau bubuk. Proses pengeringan memakan waktu 3-7 hari tergantung cuaca. Rimpang kering dapat disimpan dalam wadah kedap udara hingga 1 tahun.
Kesalahan umum saat panen: memanen terlalu muda (rimpang kecil dan kurang aromatik) atau terlalu tua (rimpang berserat dan keras). Selain itu, menggali sembarangan dapat merusak rimpang dan memicu pembusukan. Untuk hasil terbaik, lakukan panen bertahap sesuai kebutuhan, dan sisakan beberapa rimpang anakan untuk bibit musim tanam berikutnya. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat atau BPP untuk teknik panen yang sesuai dengan kondisi spesifik daerah Anda.