Cara panen yang benar: potong batang tanaman tepat di atas permukaan tanah menggunakan sabit atau gunting tajam pada pagi hari saat embus sudah kering. Hindari memanen saat hujan karena biji mudah rontok dan lembab, yang memicu jamur. Ikat batang menjadi berkas kecil (diameter 10-15 cm) dan jemur terbalik di atas terpal atau anyaman bambu selama 5-7 hari. Pastikan sirkulasi udara baik untuk mencegah pembusukan. Untuk lahan sempit, bisa juga panen bertahap dengan memotong payung bunga yang sudah masak saja.
Setelah kering, biji jintan putih mudah lepas dengan cara menggosok batang atau memukul berkas pada permukaan keras. Gunakan ayakan untuk memisahkan biji dari kotoran halus. Biji yang bersih kemudian dijemur kembali selama 1-2 hari hingga kadar air sekitar 8-10%. Simpan dalam wadah kedap udara, jauh dari sinar matahari langsung dan tempat lembab. Hasil panen rata-rata 300-500 kg biji kering per hektar, tergantung kesuburan tanah dan perawatan.
Kesalahan umum saat panen: terlambat panen menyebabkan biji rontok dan berkurangnya hasil, sedangkan panen terlalu awal menghasilkan biji keriput dan aroma kurang kuat. Jika cuaca hujan terus-menerus, segera panen dan keringkan dengan oven pengering suhu 40-50°C. Konsultasi dengan penyuluh pertanian setempat sangat dianjurkan untuk menentukan waktu panen yang tepat sesuai varietas dan kondisi iklim lokal.