Waktu panen yang ideal adalah pagi hari antara pukul 07.00 09.00 saat embun sudah mengering. Hindari panen saat hujan atau setelah penyiraman karena daun basah mudah rusak dan berjamur. Di musim kemarau, panen bisa dilakukan lebih awal (umur 3 bulan) karena tanaman lebih cepat berbunga. Di musim hujan, panen mundur 1 2 minggu karena pertumbuhan vegetatif lebih lama. Untuk lahan 100 m², hasil panen segar sekitar 50 70 kg, setara 12 18 kg kering.
Cara panen: potong batang sambiloto 10 15 cm di atas permukaan tanah menggunakan sabit atau gunting tajam. Jangan mencabut akar karena akan mengotori hasil dan merusak tanah. Pisahkan daun dari batang jika akan dikeringkan, atau jemur seluruh bagian tanaman. Pengeringan dilakukan di bawah sinar matahari langsung selama 2 3 hari (musim kemarau) atau dengan oven 40 50°C selama 8 12 jam. Kadar air akhir yang aman untuk penyimpanan adalah 8 10%.
Setelah kering, simpan dalam wadah kedap udara, tempat sejuk, dan terhindar dari sinar matahari. Daun kering dapat bertahan hingga 1 tahun jika disimpan dengan benar. Jangan menunda panen terlalu lama karena daun akan menguning dan rontok, serta kandungan andrografolid menurun drastis. Panen berlebih dapat dilakukan bertahap dengan memotong cabang lateral, menyisakan batang utama untuk pertumbuhan lanjutan hingga panen kedua 2 3 bulan kemudian.