Untuk pertumbuhan optimal, gunakan pupuk organik seperti kompos atau pupuk kandang yang sudah matang. Campurkan 1-2 genggam (sekitar 100-200 gram) kompos per tanaman saat awal tanam sebagai pupuk dasar. Setelah itu, berikan pupuk cair organik (misal dari fermentasi urine sapi atau ekstrak kompos) setiap 2 minggu sekali dengan dosis encer (1:10). Lakukan pemupukan ini pada pagi hari saat tanah lembap.
Jika menggunakan pupuk NPK sintetis, pilih yang seimbang (misal NPK 16-16-16) dengan dosis sangat rendah: 1 gram per liter air, siramkan 100 ml per tanaman dewasa setiap 3-4 minggu. Hindari pupuk dengan nitrogen tinggi (N) karena akan memicu pertumbuhan daun yang lebat tapi kurang aromatik. Pada musim hujan, kurangi frekuensi pemupukan menjadi sebulan sekali karena kelembapan tinggi sudah mendukung pertumbuhan.
Perhatikan tanda-tanda tanaman: jika daun menguning dan pertumbuhan lambat, mungkin perlu pupuk tambahan. Namun jika daun terlalu hijau gelap dan lemas, kurangi pemupukan. Thyme juga merespon baik terhadap pupuk daun dari ekstrak rumput laut setiap bulan untuk meningkatkan ketahanan. Jangan lupa untuk memanen secara teratur dengan memotong ujung batang agar tanaman tetap rimbun dan merangsang pertumbuhan baru.