Untuk hasil maksimal, panen sebelum tanaman memasuki fase berbunga penuh (biasanya mulai berbunga 3-4 bulan setelah tanam). Potong batang sepanjang 10-15 cm dari ujung, sisakan 5-10 cm batang bawah agar tanaman bisa tumbuh kembali. Gunakan gunting tajam atau pisau steril. Jangan mencabut tanaman karena thyme bersifat perennial dan bisa dipanen berulang.
Frekuensi panen bisa dilakukan setiap 4-6 minggu sekali selama musim kemarau, dan lebih jarang (setiap 8 minggu) saat musim hujan untuk mencegah penyakit. Dalam satu tahun, Anda bisa memanen 4-6 kali. Setelah panen, segera cuci daun dengan air mengalir, keringkan dengan lap bersih, lalu jemur di tempat teduh selama 2-3 hari atau gunakan dehidrator pada suhu 35-40°C hingga benar-benar kering.
Simpan thyme kering dalam wadah kedap udara di tempat gelap dan sejuk. Thyme kering bisa bertahan 1-2 tahun. Untuk penggunaan segar, simpan di kulkas dalam plastik berlubang selama 1-2 minggu. Jangan mencuci sebelum penyimpanan agar tidak lembab. Hasil panen per tanaman bisa mencapai 50-100 gram daun segar per kali panen pada musim puncak.