Penyebab paling sering adalah overwatering. Thyme tidak tahan genangan; jika tanah basah terus-menerus, akar membusuk dan daun menguning dari bagian bawah. Ciri khasnya: tanah terasa becek, daun layu meski basah, dan bau apek. Solusinya: kurangi penyiraman, pastikan pot berlubang drainase, dan ganti media tanam dengan campuran pasir malang, sekam bakar, dan pupuk kandang dengan perbandingan 1:1:1.
Penyebab kedua adalah kekurangan nutrisi, terutama nitrogen. Daun menguning merata pada seluruh tanaman, dimulai dari daun tua. Beri pupuk organik cair seperti ekstrak kompos atau air lindi (1:10) setiap 2 minggu sekali. Hindari pupuk kimia berlebihan karena thyme sensitif terhadap garam. Jika pH tanah terlalu tinggi (di atas 7,5), tambahkan belerang atau kompos daun untuk menurunkan pH ke 6,0-7,0.
Penyebab ketiga adalah serangan hama seperti kutu daun (aphids) atau tungau. Kutu daun menyebabkan daun keriting dan kuning dengan embun madu lengket. Tungau membuat bercak kuning kecil dan jaring halus di bawah daun. Semprot dengan air sabun (1 sendok sabun cuci piring per liter air) atau minyak neem (5 ml per liter) setiap 3 hari selama 2 minggu. Pastikan sirkulasi udara baik dan jangan terlalu rapat antar tanaman.