Setelah cendana berumur 3-5 tahun, kurangi pupuk N dan tingkatkan P dan K untuk merangsang pembentukan kayu dan kandungan minyak. Berikan pupuk NPK 12-12-17 atau 15-10-20 sebanyak 150-200 gram per pohon per tahun, dibagi 2 kali aplikasi (awal musim hujan dan akhir musim hujan). Tambahkan pupuk mikro seperti Zn, Cu, dan B melalui daun setiap 6 bulan. Hindari pemberian pupuk N berlebihan karena dapat menekan produksi minyak cendana.
Pemupukan harus disesuaikan dengan kondisi tanah. Lakukan analisis tanah setiap 2 tahun untuk mengetahui pH dan ketersediaan unsur hara. Cendana tumbuh optimal pada pH 6,0-7,0. Jika tanah masam (pH <5,5), berikan dolomit 1-2 kg per pohon setahun sekali. Pada tanah miskin, tambahkan pupuk organik cair dari kotoran kambing atau sapi setiap bulan dengan dosis 5-10 liter per pohon. Jangan lupa memupuk tanaman inang secara terpisah dengan dosis yang sama.
Kesalahan umum petani adalah memupuk cendana terlalu banyak N atau mengabaikan inang. Akibatnya, cendana tumbuh subur daun tapi kayu tidak padat dan kadar minyak rendah. Untuk hasil terbaik, konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat atau BPP untuk rekomendasi spesifik lokasi. Catat jadwal pemupukan dan amati pertumbuhan daun serta warna daun sebagai indikator kebutuhan hara. Daun menguning menandakan kekurangan N, sedangkan daun keunguan menandakan kekurangan P.