Penyakit yang paling sering menyerang cendana adalah penyakit bercak daun yang disebabkan oleh jamur Colletotrichum gloeosporioides dan Pestalotiopsis sp. Gejalanya berupa bercak coklat kehitaman dengan tepi kuning pada daun, terutama di musim hujan. Jika dibiarkan, daun akan gugur dan pertumbuhan terhambat. Pengelolaan dengan sanitasi kebun, pemangkasan bagian sakit, dan pengaturan jarak tanam (minimal 3x3 m) untuk sirkulasi udara dapat menekan penyakit ini.
Penyakit lain yang tidak kalah penting adalah kanker batang akibat jamur Fusarium oxysporum dan layu bakteri Ralstonia solanacearum. Kanker batang ditandai dengan luka mengeluarkan getah, sedangkan layu bakteri menyebabkan daun layu mendadak meski tanah lembab. Keduanya sering muncul di lahan dengan drainase buruk. Perbaikan drainase, rotasi tanaman dengan non-inang (misal rumput-rumputan), dan penggunaan bibit sehat dari sumber terpercaya adalah langkah pencegahan utama.
Untuk pengendalian kimia, konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat atau BPP (Balai Penyuluh Pertanian) untuk mendapatkan rekomendasi fungisida/bakterisida yang tepat sesuai gejala. Hindari penggunaan pestisida secara berlebihan karena dapat merusak mikrobiota tanah dan meningkatkan resistensi patogen. Terapkan prinsip Pengelolaan Hama Terpadu (PHT) dengan mengutamakan tindakan kultur teknis dan biologi.