Sebelum panen, pastikan pohon sudah mencapai diameter batang minimal 25-30 cm pada ketinggian dada (1,3 m). Ciri pohon siap panen: daun mulai menguning, pertumbuhan melambat, dan kulit batang mulai retak. Lakukan uji bor dengan mengambil sampel kecil di pangkal batang; jika tercium aroma harum yang kuat, berarti kandungan minyak sudah optimal.
Teknik panen yang dianjurkan adalah dengan menebang pohon secara selektif. Gunakan gergaji mesin untuk memotong batang setinggi 20-30 cm dari permukaan tanah. Setelah ditebang, segera kupas kulit batang untuk mencegah kontaminasi jamur. Potong batang menjadi beberapa bagian sepanjang 1-2 meter, lalu belah menjadi ukuran lebih kecil (5-10 cm) untuk mempercepat pengeringan.
Kayu cendana yang baru dipanen memiliki kadar air tinggi (50-60%). Keringkan di tempat teduh dan berventilasi baik selama 2-4 minggu hingga kadar air turun menjadi 12-15%. Hindari penjemuran langsung di bawah sinar matahari karena dapat menyebabkan retak dan hilangnya minyak atsiri. Setelah kering, kayu siap dijual ke industri kerajinan atau penyulingan minyak.