Penyiraman dilakukan 2-3 kali seminggu pada musim kemarau, dan dikurangi saat hujan. Cendana tidak tahan genangan, jadi pastikan drainase baik. Beri mulsa organik (jerami atau daun kering) setebal 5-10 cm di sekitar batang untuk menjaga kelembaban dan menekan gulma. Pada musim hujan, waspadai busuk akar dengan tidak membiarkan air menggenang.
Pemupukan dilakukan setiap 3-4 bulan dengan pupuk kandang matang (2-5 kg per pohon) dan pupuk NPK 15-15-15 (100-200 gram per pohon) sesuai dosis pada kemasan. Sebarkan pupuk di sekitar tajuk, bukan di batang. Pada tahun ke-2, tambahkan inang tambahan jika pertumbuhan lambat. Pangkas cabang mati dan inang yang terlalu rimbun agar sirkulasi udara baik.
Pengendalian hama seperti penggerek batang (Zeuzera sp.) dan kutu putih dilakukan dengan memotong bagian terserang dan menyemprot insektisida nabati (ekstrak mimba) atau konsultasi ke BPP setempat untuk pestisida kimia. Panen kayu cendana bisa dimulai setelah 15-20 tahun, dengan kadar minyak tertinggi pada pohon berusia 20-25 tahun. Lakukan pemanenan di musim kemarau untuk memudahkan pengeringan.