Penyebab paling umum adalah serangan tungau (mite) yang sering muncul saat musim kemarau. Ciri khasnya adalah daun menguning di bagian bawah, permukaan bawah daun terdapat bintik-bintik kecil seperti debu, dan jika diperhatikan dengan kaca pembesar akan terlihat tungau bergerak. Selain itu, penyakit busuk akar akibat jamur (misalnya Fusarium atau Rhizoctonia) juga sering terjadi di lahan dengan drainase buruk, terutama saat musim hujan. Gejalanya daun menguning layu, batang lembek, dan akar berwarna coklat kehitaman.
Kekurangan unsur hara juga bisa menjadi penyebab. Daun nilam yang menguning secara merata, terutama daun tua, menandakan kekurangan nitrogen. Jika menguning di antara tulang daun (interveinal) pada daun muda, kemungkinan kekurangan magnesium atau besi. Kondisi ini umum terjadi di lahan yang sudah lama ditanami tanpa pemupukan berimbang. Terakhir, stres air akibat kekeringan atau genangan juga memicu penguningan, ditandai daun mengering di tepi atau layu.
Untuk mengatasi, pertama lakukan pengamatan menyeluruh: periksa bagian bawah daun, kondisi akar, dan kelembaban tanah. Jika ditemukan tungau, semprot dengan air bertekanan atau gunakan insektisida nabati seperti ekstrak mimba. Untuk busuk akar, perbaiki drainase, kurangi penyiraman, dan aplikasi fungisida hayati (Trichoderma). Kekurangan hara diatasi dengan pemupukan sesuai hasil uji tanah, misalnya pupuk urea untuk nitrogen. Pastikan penyiraman teratur, terutama saat kemarau, namun hindari genangan. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk rekomendasi spesifik.