Nematoda (Pratylenchus spp. dan Meloidogyne spp.) merupakan hama paling merusak. Ciri: tanaman kerdil, daun menguning, akar bengkak atau busuk, dan bercak cokelat pada akar. Serangan berat menyebabkan tanaman mati mendadak. Nematoda menyebar melalui bibit sakit, air, dan alat pertanian. Pengendalian: gunakan bibit bersertifikat bebas nematoda, lakukan rotasi dengan tanaman bukan inang (misal jagung) minimal 2 musim tanam, dan berikan pupuk organik untuk memperbaiki struktur tanah. Tanam nilam di lahan yang tidak terinfestasi nematoda.
Uret (Lepidiota stigma) atau larva kumbang scarab menyerang akar nilam. Ciri: tanaman layu mendadak, daun menguning, dan akar putus atau habis dimakan. Uret aktif di musim hujan dan menyerang tanaman muda. Pengendalian: olah tanah sempurna 2-3 minggu sebelum tanam untuk membunuh larva, gunakan perangkap lampu untuk menangkap kumbang dewasa, dan aplikasi agen hayati seperti Beauveria bassiana atau Metarhizium anisopliae sesuai dosis anjuran. Hindari penanaman di lahan bekas tebu atau rumput karena banyak uret.
Penggerek batang (Zeuzera coffeae) menyerang batang nilam. Ciri: lubang gerekan pada batang, adanya serbuk gerek, dan daun layu serta kering. Larva masuk ke batang dan membuat terowongan, menyebabkan batang patah. Pengendalian: pangkas dan musnahkan batang terserang, gunakan musuh alami seperti semut predator, dan aplikasi insektisida berbahan aktif spinosad atau karbofuran ke lubang gerekan sesuai petunjuk. Pastikan kebun bersih dari gulma dan sisa tanaman.