Layu bakteri (Ralstonia solanacearum) ditandai dengan layu mendadak pada pucuk dan daun yang masih hijau, kemudian menguning dan gugur. Jika batang dipotong, akan keluar lendir bakteri berwarna putih susu. Penyakit ini menular melalui air dan tanah, serta sulit dikendalikan setelah tanaman terinfeksi. Busuk batang (Sclerotium rolfsii) menyebabkan batang bagian bawah berwarna coklat basah, ditutupi miselium putih seperti kapas, dan tanaman mudah roboh. Serangan sering terjadi di lahan dengan drainase buruk.
Bercak daun (Cercospora sp. atau Alternaria sp.) muncul sebagai bercak coklat kehitaman dengan tepi kuning, bentuk tidak beraturan, dan bisa menyatu menyebabkan daun kering. Penyakit ini menyebar melalui percikan air hujan atau alat panen. Mosaik virus ditularkan oleh kutu daun (Aphis gossypii) dan menyebabkan daun belang hijau tua-hijau muda, keriput, serta pertumbuhan tanaman terhambat. Virus tidak dapat disembuhkan, hanya dicegah dengan mengendalikan vektor.
Pengendalian penyakit nilam dilakukan secara terpadu. Untuk layu bakteri, gunakan varietas tahan (seperti Sidikalang atau Lhokseumawe), lakukan rotasi tanaman dengan bukan Solanaceae, dan perbaiki drainase. Busuk batang dapat dicegah dengan menanam di bedengan tinggi, menghindari genangan, dan memusnahkan tanaman sakit. Bercak daun dikendalikan dengan jarak tanam 40x40 cm agar sirkulasi udara baik, dan pemangkasan daun bagian bawah. Untuk virus, kendalikan kutu daun dengan insektisida nabati (misal ekstrak daun mimba) atau musuh alami (kumbang Coccinellidae). Hindari penggunaan pestisida kimia secara berlebihan; konsultasikan dengan penyuluh BPP setempat untuk dosis yang tepat.