Layu bakteri disebabkan oleh Ralstonia solanacearum yang menyerang pembuluh batang. Ciri khasnya daun layu pada siang hari, tetapi segar kembali di pagi atau sore hari. Jika batang dipotong, akan keluar lendir bakteri berwarna putih susu. Penyakit ini berkembang pesat di musim hujan dengan drainase buruk. Bercak daun (Cercospora) menimbulkan bercak bulat cokelat dengan tepi kuning, sering muncul di daun tua pada musim hujan. Busuk batang (Sclerotium) menyebabkan batang lembek berwarna cokelat dan ditumbuhi miselium putih, biasanya pada tanaman yang terlalu rapat atau setelah hujan deras.
Pengendalian penyakit tembakau harus dilakukan secara terpadu. Untuk layu bakteri, gunakan benih bersertifikat dan lakukan rotasi tanaman minimal 2 tahun dengan tanaman bukan Solanaceae (misal padi, jagung). Perbaiki drainase dan hindari melukai akar saat penyiangan. Untuk bercak daun, atur jarak tanam (80x50 cm) agar sirkulasi udara baik, dan jangan menyiram daun dari atas. Cabut dan bakar tanaman yang terinfeksi parah. Busuk batang dapat dikurangi dengan pengapuran (dosis sesuai hasil uji tanah) dan menanam di bedengan tinggi. Semua aplikasi fungisida atau bakterisida harus sesuai petunjuk label dan rekomendasi penyuluh setempat.
Pemantauan rutin setiap minggu sangat dianjurkan, terutama pada musim hujan (Oktober-April). Petani harus membawa sampel tanaman sakit ke BPP atau penyuluh untuk diagnosis pasti. Jangan menggunakan pestisida tanpa resep karena dapat memicu resistensi. Dengan menerapkan sanitasi lahan, rotasi, dan varietas tahan (seperti varietas Prancak untuk layu), risiko kerugian dapat ditekan. Konsultasi dengan penyuluh pertanian setempat adalah kunci keberhasilan pengelolaan penyakit tembakau.