Memasuki fase generatif pada umur 4 tahun ke atas, fokus pemupukan beralih ke pembentukan bunga dan pembesaran buah kemiri. Berikan pupuk organik seperti kompos atau pupuk kandang matang sebanyak 20 hingga 30 kg per pohon sekali setahun pada awal musim hujan sekitar bulan Oktober atau November untuk memperbaiki struktur tanah.
Metode pemupukan kemiri harus dilakukan secara melingkar sejajar dengan garis tajuk luar tanaman, bukan ditempelkan pada batang utama. Buat parit melingkar sedalam 15 hingga 20 cm, taburkan pupuk secara merata, lalu tutup kembali dengan tanah rapat-rapat agar hara tidak terbuang akibat penguapan atau terbilas air hujan deras pada bulan Desember hingga Februari.
Kondisi keasaman tanah juga harus diperhatikan karena tanah masam dengan pH di bawah 5.5 dapat menghambat penyerapan pupuk kemiri. Aplikasikan kapur pertanian atau dolomit sebanyak 1 hingga 2 kg per pohon pada musim kemarau antara bulan Juli hingga Agustus sebelum jadwal pemupukan utama dilakukan.