Salah satu masalah utama yang sering dijumpai adalah penyakit jamur upas dan bercak daun cercospora. Jamur upas menyerang kulit cabang serta batang kemiri, ditandai dengan lapisan miselium halus berwarna merah jambu yang lambat laun mematikan jaringan pembuluh kayu. Sementara itu, bercak daun cercospora memicu gugur daun prematur yang mengganggu proses fotosintesis tanaman. Pengendalian mekanis melalui pemangkasan pemeliharaan sebanyak 20 sampai 30 persen dari total ranting rimbun terbukti efektif menurunkan kelembapan mikro di sekitar tajuk.
Pengelolaan kesehatan tanah di piringan pohon kemiri merupakan kunci pencegahan busuk akar yang disebabkan oleh patogen Phytophthora. Petani disarankan membuat parit drainase keliling berukuran lebar 30 cm dan kedalaman 40 hingga 50 cm untuk mencegah air menggenang di sekitar leher akar selama lebih dari 24 jam. Pemberian bahan organik seperti kompos matang sebanyak 15 sampai 20 kg per pohon yang diperkaya mikroba antagonis secara berkala setiap awal dan akhir musim hujan akan memperkuat perakaran tanaman dari serangan patogen.
Pengamatan rutin setiap satu minggu sekali pada musim hujan sangat dianjurkan untuk mendeteksi munculnya gejala awal infeksi pada daun dan batang kemiri. Apabila ditemukan bagian tanaman yang menunjukkan gejala parah, tindakan pemotongan bagian terinfeksi hingga 10 cm ke jaringan sehat harus segera dilakukan. Sisa-sisa pangkasan dan guguran daun sakit tidak boleh dibiarkan menumpuk di area kebun, melainkan harus dikumpulkan dan dimusnahkan jauh dari lokasi penanaman utama.