Hama penggerek batang merupakan salah satu musuh utama perkebunan kemiri yang sering menyerang tanaman muda berumur 2 sampai 5 tahun. Larva hama ini menggerek jaringan pembuluh kayu sehingga aliran nutrisi terputus, menyebabkan cabang patah dan pohon mati meranggas dalam kurun waktu 3 sampai 6 bulan. Pengamatan berkala seminggu sekali pada pangkal batang sangat dianjurkan untuk mendeteksi keberadaan serbuk kayu bekas gerekan.
Selain penggerek, ulat pemakan daun dan kutu putih sering melonjak populasinya pada musim pancaroba antara bulan April hingga Mei serta Oktober hingga November. Serangan ulat daun yang parah dapat merontokkan hingga 60 persen tajuk tanaman hanya dalam waktu 2 minggu. Pemangkasan bentuk tajuk secara teratur setahun sekali membantu mengurangi kelembapan mikro yang disukai oleh berbagai jenis hama.
Pengendalian hama terpadu dapat diterapkan dengan memberikan pupuk NPK 15-15-15 dosis 500 gram per pohon sebanyak dua kali sematahun untuk memulihkan vigor tanaman. Penggunaan perangkap lampu (light trap) sebanyak 2 unit per hektar dan aplikasi agen hayati berbasis jamur entomopatogen terbukti efektif menekan populasi ngengat induk secara ramah lingkungan.