Gejala serangan di lapangan sering kali membingungkan petani karena beberapa penyakit menunjukkan tanda-tanda yang serupa pada kanopi daun. Layu bakteri ditandai dengan bercak kebasah-basahan pada daun yang menyebar mengikuti tulang daun, sedangkan bercak daun Cercospora menunjukkan bulatan cokelat bertepi tegas pada daun bagian bawah. Membedakan diagnosis dini sangat krusial agar tindakan sanitasi lahan dan pemangkasan bagian tanaman yang terinfeksi dapat dilakukan secara cepat dan akurat.
Masalah busuk umbi basah akibat serangan cendawan Phytophthora paling sering ditemukan pada lahan datar dengan struktur tanah liat berat yang tergenang air selama lebih dari 48 jam berturut-turut. Batang tanaman akan tampak layu mendadak meskipun tanah basah, dan ketika umbi dibongkar, jaringan dalam umbi tampak lunak, berwarna cokelat kehitaman, serta mengeluarkan aroma busuk yang menyengat. Kerusakan ini dapat dicegah dengan pembuatan guludan setinggi 30 hingga 40 cm sebelum masa tanam dimulai.
Pencegahan berkelanjutan dilakukan melalui penggunaan bibit stek berkualitas sepanjang 20 hingga 25 cm dari tanaman induk yang bebas penyakit. Lakukan pergiliran tanaman dengan suku legum atau jagung setelah 1 hingga 2 siklus panen singkong untuk memutus siklus hidup patogen tanah. Pelihara kebersihan kebun dengan rutin membuang sisa-sisa tanaman terinfeksi dan membakarnya di luar area pertanaman guna meminimalkan penyebaran spora saat curah hujan tinggi.
