Waktu panen yang ideal adalah pada pagi hari setelah embus kering atau saat cuaca cerah. Hindari panen saat hujan atau kelembapan tinggi karena biji mudah berjamur. Untuk lahan kering, panen bisa dilakukan bertahap karena buah tidak masak serempak. Petani biasanya memanen dengan cara memotong malai satu per satu menggunakan sabit atau gunting panen. Pastikan hanya memotong malai yang sudah tua agar kualitas biji seragam.
Setelah dipanen, malai hanjeli segera dijemur di bawah sinar matahari selama 3–5 hari hingga kadar air biji turun menjadi sekitar 12–14%. Penjemuran dilakukan di atas tikar atau lantai jemur yang bersih, dengan ketebalan 5–10 cm, dan dibalik setiap 2–3 jam agar kering merata. Jika cuaca mendung, bisa menggunakan oven atau pengering buatan pada suhu 40–50°C. Biji yang sudah kering akan mengeluarkan bunyi gemerisik saat digenggam.
Setelah kering, biji hanjeli dipisahkan dari malai dengan cara digebot (dipukul) atau menggunakan mesin perontok. Selanjutnya, biji diayak dan dibersihkan dari kotoran. Biji hanjeli kering dapat disimpan dalam wadah kedap udara seperti jerigen atau karung plastik, dan ditempatkan di ruang yang sejuk, kering, serta bebas hama. Dengan panen dan penanganan pascapanen yang tepat, hasil panen hanjeli dapat bertahan hingga 6 bulan tanpa penurunan kualitas.