Penyebab paling umum adalah kekurangan nitrogen (N). Ciri: daun tua menguning merata dari bawah ke atas, pertumbuhan tanaman terhambat, dan daun bawah mengering. Solusi: berikan pupuk organik kaya nitrogen seperti pupuk kandang matang (2-3 kg/m2) atau kompos daun legum. Aplikasi setiap 2 minggu sekali pada musim hujan, dan 3 minggu sekali pada kemarau. Hindari pemberian urea berlebihan karena dapat memicu serangan hama.
Penyebab kedua adalah kelebihan air atau drainase buruk. Ciri: daun menguning disertai layu, pangkal batang lembek, dan tanah becek. Solusi: hentikan penyiraman sementara, buat saluran drainase, atau naikkan bedengan. Pada musim hujan, tanam quinoa di bedengan tinggi (30-40 cm) dan mulsa plastik untuk mengurangi genangan. Jika sudah terlanjur, gemburkan tanah di sekitar akar dan tambahkan pasir atau sekam padi untuk memperbaiki aerasi.
Penyebab ketiga adalah serangan hama kutu daun (Aphididae). Ciri: daun menguning tidak merata, ada bercak kuning atau putih, dan terdapat embun madu (cairan lengket) di permukaan daun. Solusi: semprot dengan air sabun (1 sendok sabun cuci piring per liter air) setiap 3 hari selama seminggu. Anda juga bisa menanam tanaman refugia seperti kenikir atau bunga matahari di sekeliling lahan untuk menarik musuh alami. Jika parah, konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk pengendalian hayati.