Fase pemupukan dasar dilakukan bersamaan dengan jadwal tanam pada usia 0 hari setelah tanam (HST). Pada tahap ini, tanaman jelai membutuhkan unsur hara fosfor dan kalium secara utuh untuk merangsang perakaran yang kuat, disertai sepertiga porsi nitrogen harian. Pemberian pupuk jelai susulan pertama dilanjutkan saat tanaman memasuki fase anakan aktif pada umur 21 hingga 25 HST, di mana kecukupan nitrogen sangat menentukan jumlah anakan produktif yang terbentuk.
Fase pemupukan susulan kedua diberikan pada saat jelai memasuki fase bunting atau pembentukan malai, yaitu sekitar umur 40 hingga 45 HST. Pada periode ini, fokus pemupukan digeser ke penguatan unsur kalium dan sisa porsi nitrogen guna memastikan pengisian bulir berjalan maksimal dan mencegah kerontokan. Di wilayah tropis dengan curah hujan tinggi, aplikasi pupuk dilakukan dengan metode larikan atau benam untuk meminimalkan penguapan dan pencucian hara.
Kondisi keasaman tanah sangat memengaruhi efisiensi penyerapan pupuk jelai, dengan rentang pH ideal antara 6,0 hingga 7,5. Apabila hasil pengukuran pH tanah menunjukkan angka di bawah 5,5, lakukan pengapuran menggunakan dolomit sebanyak 1 hingga 2 ton per hektar sekitar 30 hari sebelum penanaman. Pengondisian pH tanah yang pas akan memastikan seluruh hara dari pupuk terserap sempurna oleh akar jelai.