Pada musim kemarau antara bulan Mei hingga September, serangan kutu daun sering menjadi ancaman utama bagi tanaman jelai yang berumur 2 hingga 4 minggu setelah tanam. Serangga kecil ini mengisap cairan daun muda dan menularkan virus kelayuan, sehingga pengamatan lapangan secara rutin setidaknya 2 kali seminggu sangat dianjurkan untuk mendeteksi keberadaannya lebih awal.
Memasuki musim hujan antara bulan November hingga Maret, kelembapan yang tinggi memicu peningkatan populasi ulat grayak pada pertanaman jelai. Ulat ini dapat menggulung dan memakan helai daun hingga habis dalam waktu 3 hingga 5 hari, yang berpotensi menurunkan produktivitas tanaman hingga 40 persen jika tidak segera dikendalikan.
Penerapan Pengendalian Hama Terpadu (PHT) menjadi kunci utama kelangsungan panen jelai, termasuk pemasangan 15 sampai 20 buah perangkap kuning perekat per hektar serta pembersihan pematang secara berkala 1 kali setiap 2 minggu. Langkah pembersihan gulma ini terbukti ampuh memutus rantai makanan hama dan meminimalkan ketergantungan pada penanganan kimiawi.