Cara panen yang benar: potong sulur terlebih dahulu sekitar 30 cm dari permukaan tanah, lalu gali tanah dengan cangkul atau garpu secara hati-hati dari samping agar umbi tidak terluka. Angkat umbi bersama tanahnya, lalu bersihkan tanah yang menempel dengan tangan atau sikat halus. Hindari mencabut langsung karena umbi rapuh dan mudah patah.
Setelah panen, sortir umbi berdasarkan ukuran dan kondisi. Umbi yang luka atau terkena hama segera konsumsi atau olah, sedangkan umbi utuh bisa disimpan. Simpan di tempat teduh, kering, dan berventilasi baik, misalnya dalam rak bambu atau karung goni. Umbi uwi bisa bertahan 3-6 bulan jika disimpan benar, dengan suhu ideal 25-30°C dan kelembaban 60-70%.
Produktivitas ubi wilis di Indonesia rata-rata 15-25 ton per hektar, tergantung pemeliharaan. Panen bertahap dianjurkan jika lahan luas: panen umbi yang sudah matang lebih dulu, biarkan yang masih kecil tumbuh. Setelah panen, lahan perlu dirotasi dengan tanaman legum atau padi untuk menjaga kesuburan tanah.