Salah satu masalah utama yang paling sering dijumpai adalah penyakit antraknosa yang disebabkan oleh cendawan Colletotrichum. Penyakit ini menyerang daun muda serta buah gowok yang sedang berkembang, ditandai dengan bercak melingkar berwarna cokelat kehitaman yang perlahan membesar dan menyebabkan buah membusuk sebelum matang. Untuk menekan perkembangannya, pemangkasan pemeliharaan sebanyak 20 hingga 30 persen ranting yang terlalu rapat perlu dilakukan secara berkala guna membiarkan sinar matahari menembus bagian dalam tajuk pohon.
Penyakit busuk akar dan pangkal batang yang dipicu oleh Phytophthora juga sering mengintai pohon gowok yang ditanam di lahan tergenang. Gejala awalnya terlihat dari daun-daun tua yang menguning secara bersamaan dan gugur prematur, diikuti oleh kulit batang bagian bawah yang tampak basah, gelap, serta mengeluarkan lendir kecokelatan. Penanganan masalah ini membutuhkan perbaikan struktur tanah melalui pembuatan parit drainase sedalam 30 hingga 40 sentimeter di sekitar piringan tajuk.
Pada musim kemarau antara bulan April hingga Oktober, tanaman gowok kerap diselimuti lapisan hitam tebal menyerupai jelaga yang dikenal sebagai embun jelutong. Penyakit ini sebenarnya tumbuh sekunder di atas cairan embun madu yang dikeluarkan oleh hama kutu putih atau kutu daun. Pembersihan permukaan daun menggunakan semprotan air bertekanan sedang yang dicampur sabun cuci piring lembut dosis ringan satu kali seminggu efektif meluruhkan lapisan jelaga tersebut sekaligus mengusir hamanya.