Lalat buah menjadi ancaman terbesar saat gowok mulai memasuki fase pembentukan buah hingga pematangan. Serangga betina menyuntikkan telur ke dalam daging buah, yang kemudian menetas menjadi larva dan menggerogoti bagian dalam buah hingga membusuk dan gugur prematurely. Untuk menekan populasinya, petani dapat memasang perangkap atraktan sebanyak 2 sampai 3 titik per pohon sejak dompolan buah muda terbentuk, serta rajin mengumpulkan buah gugur setiap 2 hari sekali.
Selain lalat buah, hama penghisap cairan seperti kutu putih kerap menyerang bagian bawah daun dan celah dompolan buah, meninggalkan lapisan jelaga hitam yang menghambat fotosintesis. Pengendalian hama gowok ini dilakukan dengan penyemprotan pestisida nabati minyak mimba atau ekstrak serai dapur dengan frekuensi 7 hingga 10 hari sekali pada pagi atau sore hari. Pemangkasan cabang yang saling bersilangan juga mutlak dilakukan untuk meningkatkan intensitas cahaya matahari hingga 70 persen ke bagian dalam kanopi.
Langkah pencegahan jangka panjang meliputi perbaikan struktur tanah dan sanitasi area perakaran. Pemberian pupuk kandang matang sebanyak 10 sampai 15 kg per pohon yang diperkaya mikroorganisme hayati setiap 6 bulan sekali akan meningkatkan daya tahan alami tanaman gowok. Kebun yang bersih dari gulma dan buah yang membusuk akan memutus siklus hidup hama Gowok secara berkelanjutan sepanjang tahun.