Penyebab utama yang paling sering terjadi di iklim tropis adalah genangan air akibat drainase buruk, terutama saat curah hujan tinggi pada bulan November hingga April. Air yang tergenang selama lebih dari 48 jam menyebabkan perakaran gowok kekurangan oksigen, memicu kebusukan akar muda, dan ditandai dengan daun bagian bawah yang menguning lalu membusuk. Penyiraman pada musim kemarau cukup dilakukan 2 sampai 3 kali seminggu, pastikan media tanah bagian atas sedalam 5 sentimeter sudah agak mengering sebelum disiram kembali.
Penyebab kedua adalah defisiensi unsur hara penting seperti nitrogen dan zat besi yang sering timbul akibat pH tanah berada di luar batas ideal 5,5 hingga 6,5. Pemberian bahan organik seperti pupuk kandang matang sebanyak 5 hingga 10 kilogram per pohon setiap 6 bulan sekali sangat membantu menjaga struktur tanah dan ketersediaan nutrisi secara berkelanjutan. Jika tanah terlalu asam, aplikasi kapur pertanian sesuai dosis anjuran tanah setempat perlu dilakukan untuk menetralkan pH.
Serangan hama pengisap seperti kutu daun dan tungau pada masa pancaroba juga menjadi pemicu menguningnya daun gowok muda. Pengamatan rutin minimal 1 minggu sekali pada permukaan bawah daun sangat direkomendasikan untuk mendeteksi keberadaan hama sejak dini. Pemangkasan cabang yang terlalu rimbun hingga 15 sampai 20 persen dari total kanopi dapat meningkatkan sirkulasi udara serta pencahayaan matahari langsung yang meminimalkan perkembangan jamur daun.