Penyakit antraknosa disebabkan oleh cendawan Colletotrichum yang menyerang pentil buah serta daun muda matoa. Gejalanya ditandai dengan munculnya bintik cokelat kehitaman berdiameter 2 hingga 5 milimeter yang meluas membentuk lingkaran cekung hingga buah membusuk dan gugur sebelum matang. Untuk menekan infeksi ini, petani perlu mengatur jarak tanam ideal minimal 8x8 meter serta melakukan pemangkasan pemeliharaan setiap 6 bulan sekali guna membuka sirkulasi udara dan masuknya sinar matahari langsung.
Penyakit embun jelut kerap menyelimuti daun matoa dengan lapisan hitam seperti jelaga kuali, yang sebenarnya disebabkan oleh sekresi embun madu dari kutu daun atau kutu kebul. Meskipun jamur jelut tidak menginfeksi jaringan dalam secara langsung, lapisan tebal ini menghalangi fotosintesis hingga 60 persen dan menghambat pembentukan bunga. Pengendalian dilakukan dengan membasmi hama perantara menggunakan semprotan minyak nabati atau sabun kalium secara berkala seminggu sekali hingga populasi hama terkendali.
Sanitasi lahan dan pemupukan seimbang menjadi benteng pertahanan terbaik dalam mengatasi penyakit matoa di area perkebunan. Bersihkan gulma serta daun gugur terinfeksi dari bawah tajuk pohon seluas radius 2 meter, lalu musnahkan dengan cara ditimbun atau dibakar terbatas. Berikan kombinasi pupuk kandang matang sebanyak 15 hingga 20 kilogram per pohon ditambah pupuk hayati berbasis Trichoderma sp. setiap awal musim hujan untuk memperkuat perakaran dan menekan perkembangan patogen tular tanah.