Salah satu ancaman terbesar pada fase vegetatif adalah serangan ulat pemakan daun dan ulat penggulung yang merusak hingga 20 persen tajuk muda dalam kurun waktu kurang dari dua minggu. Pengamatan rutin minimal dua kali seminggu sangat disarankan, terutama pada pohon matoa berusia di bawah tiga tahun. Pembersihan larva secara manual dan penataan jarak tanam yang tidak terlalu rapat menjadi langkah awal yang sangat krusial.
Saat pohon masuk ke fase generatif pada puncak musim pembuahan antara bulan Oktober hingga Januari, serangan lalat buah dan kutu putih menjadi masalah utama. Lalat buah betina menyuntikkan telur ke dalam kulit buah muda berdiameter 1 sentimeter, yang mengakibatkan buah matoa membusuk dan gugur prematurely. Penggunaan perangkap atraktan sebanyak dua hingga empat titik per 500 meter persegi area kebun terbukti menekan populasi lalat buah jantan secara signifikan.
Penerapan Manajemen Pengendalian Hama Terpadu (PHT) secara konsisten adalah kunci utama keberhasilan berkebun matoa. Lakukan pemangkasan pemeliharaan setiap enam bulan sekali agar 70 hingga 80 persen sinar matahari dapat menembus sela-sela cabang interior tajuk. Sinar matahari yang cukup akan menciptakan mikroiklim yang tidak disukai oleh kutu dan cendawan jelaga, sekaligus mempermudah aplikasi pestisida hayati bila populasi hama melampaui ambang ekonomi.