Faktor pemicu utama kegagalan pembungaan adalah ketersediaan air yang tidak teratur, terutama menjelang dan selama musim kemarau. Tanaman manggis memerlukan periode stres air ringan selama 3 sampai 4 minggu pada awal musim kemarau untuk merangsang pembentukan kuncup bunga generatif. Setelah kuncup bunga mulai mekar dan menjadi bakal buah, pengairan teratur sebanyak 40 hingga 60 liter per pohon setiap 3 hari sekali sangat diperlukan agar bakal buah tidak gugur secara prematur.
Ketidakseimbangan pemupukan juga menjadi penyebab utama meranggasnya potensi buah. Pemberian pupuk tinggi nitrogen yang berlebihan melebihi 2 kilogram per pohon per tahun akan membuat pohon terus memproduksi daun muda tanpa mau membentuk kuncup bunga. Sebaliknya, pohon membutuhkan asupan pupuk organik kotoran sapi atau kambing matang sebanyak 30 hingga 50 kilogram per pohon per tahun, yang dikombinasikan dengan pemupukan fosfor dan kalium pada interval 2 kali setahun, yaitu pada awal dan akhir musim hujan.
Selain itu, pangkasan pemeliharaan yang diabaikan dapat menyebabkan kanopi bagian dalam terlalu rimbun dan lembap, sehingga sinar matahari tidak dapat menembus sekurang-kurangnya 70 persen area percabangan utama. Lakukan pemangkasan cabang air, cabang kering, dan cabang yang tumbuh ke arah dalam secara rutin setiap 6 bulan sekali guna memastikan sirkulasi udara lancar serta merangsang akumulasi karbohidrat untuk pembentukan bunga secara optimal.