Memasuki usia di atas 5 tahun atau saat tanaman mulai belajar berbuah, pemupukan digeser untuk merangsang pembungaan dan pembuahan. Kurangi porsi nitrogen dan tingkatkan porsi fosfor serta kalium. Berikan pupuk bertahap dengan total 2 hingga 3 kg NPK tinggi kalium per pohon per tahun yang dibagi pada awal musim hujan dan saat pembentukan buah. Dosis pupuk kompos ditingkatkan menjadi 30 hingga 50 kg per pohon setiap tahun.
Cara mengaplikasikan pupuk manggis yang benar adalah dengan membuat parit melingkar di bawah proyeksi tajuk terluar sedalam 10 hingga 15 cm. Taburkan pupuk organik dan anorganik secara merata ke dalam parit tersebut, lalu tutup kembali dengan tanah galian. Hindari menaruh pupuk menempel langsung pada batang utama untuk mencegah pembusukan pangkal batang dan kerusakan akar muda.
Di Indonesia, pemupukan fase generatif sangat dipengaruhi peralihan musim kemarau ke musim hujan. Aplikasi kalsium dan magnesium sangat disarankan sebanyak 1 hingga 2 kg dolomite per pohon setiap tahun untuk mencegah masalah getah kuning pada buah. Lakukan pengapuran ini pada awal musim kemarau untuk menjaga pH tanah tetap berada pada rentang optimal 5,5 hingga 6,5.