Hama thrips dan kutu putih merupakan musuh utama yang sering merusak estetika kulit buah manggis sehingga gagal menembus pasar ekspor. Thrips menyerang bunga serta buah muda berukuran diameter 1 hingga 3 sentimeter, menyebabkan timbulnya garis cokelat atau permukaan kulit buah menjadi buram. Sementara itu, kutu putih mengisap cairan dari tangkai dan kulit buah yang mengundang jamur jelut serta memicu keluarnya getah kuning pada daging buah.
Pengendalian hama manggis yang efektif harus menerapkan konsep Pengendalian Hama Terpadu secara konsisten sepanjang tahun. Petani disarankan melakukan pemangkasan cabang dalam yang rimbun setiap 6 bulan sekali untuk memperbaiki sirkulasi udara dan intensitas cahaya matahari. Pemasangan perangkap kuning berperekat sebanyak 15 hingga 20 buah per hektar juga sangat berguna untuk menekan populasi thrips dan serangga pengisap lainnya secara alami.
Apabila tingkat serangan hama telah melampaui ambang ekonomi, aplikasi agens hayati seperti jamur entomopatogen atau pestisida nabati berbahan dasar minyak mimba dapat disemprotkan setiap 7 hingga 10 hari sekali pada sore hari. Penggunaan insektisida sintetis hendaknya dijadikan opsi terakhir dengan tetap memperhatikan masa tenggang sebelum panen minimal 14 sampai 21 hari agar buah manggis bebas dari residu kimia yang berbahaya.