Pemberian pupuk kandang atau kompos dasar sangat disarankan sebagai fondasi kesuburan tanah. Berikan pupuk organik matang sebanyak 10 hingga 15 kg per pohon setiap 4 bulan sekali. Pengaplikasian dilakukan dengan membuat parit melingkar di bawah tajuk luar tanaman (proyeksi tajuk) sedalam 15-20 cm, lalu menutupi kembali tanahnya agar unsur hara tidak terbuang atau menguap, baik pada musim hujan maupun musim kemarau.
Pemupukan anorganik pendukung berfungsi mempercepat pembentukan bunga dan buah. Untuk memicu pembungaan yang lebat, berikan pupuk NPK berimbang (seperti komposisi 16-16-16) sebanyak 100 hingga 250 gram per pohon setiap 3 bulan sekali pada tahun pertama. Saat memasuki fase produktif, tingkatkan pemupukan dengan unsur Fosfor dan Kalium yang lebih tinggi menjelang awal musim hujan untuk memperkuat tangkai buah dan meningkatkan cita rasa renyah manis pada buah kedondong.
Pengolahan hara mikronutrien dan perawatan susulan tidak boleh terlewatkan. Semprotkan pupuk daun yang kaya unsur mikro seperti Seng (Zn) dan Boron (B) setiap 2 sampai 4 minggu sekali pada pagi hari pukul 06.00-09.00 saat stomata daun terbuka lebar. Kombinasi penyiraman rutin 2 hari sekali pada musim kemarau serta pemangkasan cabang fertil akan memaksimalkan penyerapan pupuk kedondong sehingga tanaman berproduksi secara terus-menerus.