Memasuki awal musim hujan pada bulan Oktober hingga November, kelembapan udara yang tinggi memicu lonjakan populasi kutu putih pada dompolan bunga dan daun muda. Pemangkasan kanopi bagian dalam sebanyak 15 hingga 20 persen pada cabang non-produktif sangat diperlukan agar sinar matahari dapat menembus sela-sela pohon secara merata.
Saat fase pembentukan buah duku berlangsung dari bulan Desember hingga Februari, serangan larva penggerek buah menjadi ancaman utama yang dapat menggagalkan panen. Pembungkusan dompolan buah menggunakan kantong jaring halus berukuran 30x40 sentimeter terbukti efektif menekan kerusakan hingga 80 persen jika dipasang saat buah masih berdiameter 1 sentimeter.
Untuk hama penggerek batang, pemeriksaan berkala pada batang utama wajib dilakukan setiap 2 minggu sekali sepanjang tahun. Pembersihan mekanis menggunakan kawat lentur sepanjang 30 sentimeter efektif membasmi larva di dalam batang sebelum lubang bekas bor ditutup rapat dengan tanah liat atau pasak kayu.