Dua penyakit paling merusak yang sering menyerang duku saat curah hujan tinggi adalah busuk buah antraknosa dan jamur upas pada batang. Jika dibiarkan tanpa penanganan, serangan penyakit ini dapat membusukkan hingga 70 persen hasil panen dalam waktu kurang dari dua minggu serta mematikan dahan-dahan produktif duku secara permanen.
Langkah awal pengobatan dimulai dengan sanitasi kebun secara ketat melalui pemangkasan pemeliharaan untuk membuka penetrasi cahaya matahari minimal 60 persen ke dalam interior kanopi. Pemotongan bagian tanaman yang sakit harus dilakukan hingga 15 sampai 20 sentimeter di bawah batas jaringan yang terinfeksi, lalu dahan yang dipotong harus segera dibakar atau dibuang keluar area kebun.
Pengelolaan drainase tanah juga sama pentingnya dengan tindakan pemangkasan, di mana pembuat paret resapan sedalam 30 hingga 40 sentimeter di sekeliling tajuk luar duku wajib dibuat untuk mencegah genangan air. Pemberian pupuk organik matang sebanyak 25 kilogram per pohon yang dikombinasikan dengan agens hayati Trichoderma dapat memperkuat ketahanan akar terhadap serangan patogen tanah.