Untuk tanaman namnam fase vegetatif berusia 1 sampai 3 tahun, pemupukan rutin dilakukan setiap 3 hingga 4 bulan sekali. Berikan pupuk organik sebanyak 3 sampai 5 kg per pohon yang dikombinasikan dengan pupuk NPK seimbang sesuai dosis petunjuk pada label. Pemupukan ini sangat efektif dilakukan pada awal musim hujan saat kelembapan tanah optimal untuk merangsang pembentukan tunas daun baru serta memperkuat struktur batang utama.
Memasuki fase generatif atau umur di atas 4 tahun, fokus aplikasi pupuk namnam bergeser untuk merangsang pembentukan bunga dan buah kauliflori yang tumbuh di batang bawah. Berikan pupuk dengan kandungan unsur fosfor dan kalium tinggi sebanyak 2 kali dalam setahun, yaitu pada awal dan akhir musim hujan. Dosis pupuk kompos dapat ditingkatkan menjadi 15 sampai 20 kg per pohon untuk menjaga ketersediaan bahan organik tanah secara berkelanjutan.
Pemeliharaan tanah di sekitar piringan pohon namnam juga memegang peranan penting dalam efisiensi penyerapan pupuk namnam. Pada musim kemarau, tambahkan mulsa organik dari jerami atau daun kering setebal 5 sampai 10 cm untuk menahan penguapan air. Lakukan penggemburan tanah secara berkala seluas tajuk tanaman setiap 6 bulan sekali agar struktur tanah tidak padat dan akar dapat menyerap nutrisi secara maksimal.