Masalah kesehatan tanaman namnam yang paling sering dijumpai adalah serangan jamur upas dan antraknosa pada area pembungaan di batang. Infeksi jamur upas ditandai dengan munculnya kerak berwarna merah muda keperakan yang dapat merusak jaringan kulit batang utama, sementara antraknosa membuat calon buah namnam menghitam dan membusuk sebelum matang. Jika infeksi ini dibiarkan tanpa tindakan selama 2 sampai 3 minggu pada puncak musim hujan, produksi buah dapat turun hingga lebih dari 70% bahkan berisiko mematikan cabang utama.
Pengendalian penyakit namnam membutuhkan kombinasi pemeliharaan sanitasi lingkungan dan tindakan mekanis secara konsisten. Petani dan pekebun disarankan melakukan pemangkasan tajuk atas secara berkala untuk memastikan penetrasi sinar matahari mencapai 60% hingga 80% ke bagian batang bawah. Selain itu, jarak aplikasi mulsa organik harus diatur setidaknya 10 hingga 15 cm dari pangkal batang, dipadukan dengan pembuatan parit drainase sedalam 30 hingga 40 cm di sekeliling tajuk agar air tidak menggenangi perakaran.
Sebagai langkah pencegahan jangka panjang, aplikasi mikroorganisme hayati seperti Trichoderma sp. sangat dianjurkan dengan frekuensi pemberian setiap 3 hingga 4 bulan sekali pada area perakaran. Sanitasi batang yang terinfeksi harus dilakukan dengan pengerokan jaringan kulit yang sakit secara hati-hati hingga terlihat bagian kayu yang bersih, lalu dilanjutkan dengan penutupan luka pangkasan. Pendekatan terpadu ini terbukti efektif menekan perkembangan sporulasi jamur tanpa merusak ekosistem tanah di sekitar tanaman.