Menentukan tingkat kematangan buah namnam memerlukan kejelian karena bentuk fisiknya yang bergelombang dan berkerut. Buah yang matang sempurna memiliki panjang berkisar 5 hingga 9 cm dengan perubahan warna kulit dari hijau tua kecokelatan menjadi hijau kekuningan atau cokelat keemasan. Tekstur daging buah yang matang akan sedikit melunak saat ditekan perlahan menggunakan ibu jari, serta mengeluarkan aroma asam-manis yang khas segar.
Teknik panen namnam harus dilakukan dengan hati-hati menggunakan gunting pangkas buah yang tajam dan steril. Jangan pernah memetik buah dengan cara menarik atau memutarnya secara paksa dari batang. Tindakan merusak tersebut dapat mengelupas bantalan bunga (nodus pembungaan) pada kulit batang utama, yang mengakibatkan lokasi tersebut tidak dapat mengeluarkan bunga lagi pada musim panen berikutnya. Potong tepat pada tangkai buah dengan menyisakan panjang tangkai sekitar 0,5 hingga 1 cm.
Setelah dipanen, sortir buah namnam berdasarkan tingkat kematangan dan ukurannya. Buah segar yang disimpan pada suhu ruang (25-28 derajat Celsius) dapat bertahan selama 3 hingga 5 hari sebelum daging buah menjadi lembek. Jika ingin memperpanjang masa simpan hingga 10-14 hari, simpan buah namnam di dalam wadah terperangkap udara padat di dalam lemari pendingin pada suhu 10-12 derajat Celsius.