Salah satu ancaman utama pada pertanaman gandaria adalah penyakit antraknosa yang disebabkan oleh cendawan Colletotrichum. Gejala khasnya berupa bercak-bercak cokelat kehitaman berdiameter 2 hingga 5 milimeter pada daun muda yang dapat menyebabkan daun mengkerut lalu gugur secara prematur. Jika infeksi terjadi pada saat pembungaan di bulan Agustus, bunga gandaria akan menghitam, mengering, dan gagal membentuk bakal buah, sehingga berpotensi menurunkan hasil panen hingga 70 persen.
Selain antraknosa, penyakit jamur jelut juga sering meluas pada musim kemarau antara bulan Mei hingga Agustus. Jamur jelut ini ditandai dengan lapisan hitam mirip jelaga yang menutupi permukaan atas daun gandaria, yang sebenarnya tumbuh di atas embun madu hasil ekskresi kutu daun atau kutu perisai. Walaupun tidak merusak jaringan daun secara langsung, lapisan jelaga hitam ini menghalangi masuknya cahaya matahari sebesar 40 hingga 60 persen, yang mengganggu proses fotosintesis dan membuat pertumbuhan tanaman menjadi kerdil.
Penanganan penyakit pada pohon gandaria membutuhkan pendekatan terpadu yang memadukan pemangkasan pemeliharaan, sanitasi kebun, serta aplikasi agens hayati. Pemangkasan tajuk bagian dalam yang teratur seminggu setelah panen terbukti menurunkan kelembapan mikro dan meningkatkan penetrasi sinar matahari hingga ke pangkal dahan. Apabila infeksi jamur berlanjut, konsultasikan penggunaan fungisida terdaftar kepada petugas Balai Penyuluhan Pertanian (BPP) terdekat untuk mendapatkan petunjuk teknis yang tepat dan aman.