Pada musim kemarau, hama penggerek batang dan penggerek buah menjadi masalah utama karena betina dewasa sangat aktif bertelur pada jaringan tanaman. Pengamatan tajuk pohon seluas 2 hingga 5 meter persegi harus dilakukan secara berkala seminggu sekali untuk mendeteksi keberadaan serangga, menggulungnya daun, atau kotoran larva sejak dini.
Pengendalian hama gandaria diawali dengan teknik fisik dan mekanis, seperti pembungkusan buah muda berukuran 1 hingga 2 cm menggunakan kantong kertas berlapis atau plastik transparan berlubang aerasi. Langkah pemangkasan pemeliharaan dilakukan setiap 3 bulan sekali untuk membuka penetrasi sinar matahari ke dalam bagian dalam tajuk, sehingga menciptakan mikroiklim yang tidak disukai serangga.
Apabila populasi hama melampaui ambang ekonomi yang terlihat pada lebih dari 10% total pucuk atau buah, penggunaan agens hayati atau pembasmi organik dapat diaplikasikan 7 sampai 10 hari sekali pada sore hari. Penggunaan bahan kimia sintetis hanya menjadi pilihan terakhir setelah berkonsultasi dengan petugas Lapangan BPP setempat.