Waktu panen sedap malam ditentukan oleh tahap perkembangan bunga. Panen ideal dilakukan pada pagi hari (pukul 06.00–09.00) saat suhu masih sejuk dan kadar air tanaman tinggi. Bunga siap panen ketika 2–3 kuntum terbawah pada tandan sudah mekar penuh, sementara kuntum di atasnya masih kuncup atau setengah mekar. Pada musim kemarau, panen bisa lebih cepat (sekitar 7–8 bulan setelah tanam), sedangkan musim hujan bisa lebih lama (8–9 bulan). Hindari memanen saat hujan atau cuaca mendung karena bunga mudah busuk.
Cara panen yang benar: gunakan pisau atau gunting tajam yang steril. Potong tangkai bunga pada pangkal, tepat di atas permukaan tanah, dengan sudut 45 derajat untuk memperluas permukaan serapan air. Segera setelah dipotong, rendam pangkal tangkai dalam air bersih untuk mencegah masuknya udara ke dalam pembuluh. Bunga yang sudah dipanen sebaiknya segera dimasukkan ke dalam ember berisi air bersih dan ditempatkan di tempat teduh. Sortasi dilakukan dengan memisahkan tangkai yang lurus, panjang, dan bebas hama.
Hasil panen sedap malam dapat langsung dipasarkan sebagai bunga potong segar atau diolah lebih lanjut. Untuk pengiriman jarak jauh, bungkus tangkai dengan kertas koran basah dan masukkan dalam kardus berlubang. Bunga potong sedap malam dapat bertahan 5–7 hari jika disimpan dalam suhu ruang dan air diganti setiap hari. Jika ingin memperpanjang kesegaran, tambahkan sedikit gula atau pengawet bunga alami ke dalam air vas.