Pencegahan utama penyakit selada air dimulai dengan pengawasan rutin setidaknya 2 kali seminggu, terutama pada kerapatan tanaman yang melebihi 30 rumpun per meter persegi. Pengaturan debit air masukan sebesar 2 sampai 5 liter per menit sangat dianjurkan untuk menjaga kesegaran air, membuang sisa organik terlarut, dan mencegah genangan air mati yang memicu pembusukan jaringan akar.
Pengendalian penyakit berbasis sanitasi dapat dilakukan dengan memangkas bagian tanaman yang terserang seluas 5 hingga 10 sentimeter dari batas jaringan sehat, lalu membuangnya jauh dari area kolam. Pemberian bahan hayati seperti agen antagonis Trichoderma sp. atau Bacillus subtilis yang dikucurkan 1 kali setiap 10 hari pada pangkal tanaman dapat menekan populasi patogen tanah tanpa merusak ekosistem perairan lokal.
Jika serangan penyakit meluas hingga memengaruhi lebih dari 20 persen populasi dalam bedengan, pemanenan dini pada rumpun yang masih sehat dapat menjadi langkah penyelamatan hasil. Setelah panen, kolam atau bedengan perlu dikeringkan dan diistirahatkan selama 7 sampai 14 hari di bawah terik matahari untuk memutus siklus hidup patogen sebelum penanaman bibit baru dimulai.