Waktu panen pohpohan yang ideal adalah saat tanaman berumur 30-45 hari setelah tanam (HST) atau saat tinggi tanaman mencapai 20-30 cm. Ciri-ciri daun siap panen: daun sudah membuka sempurna, berwarna hijau segar, dan batang masih lunak namun cukup kokoh. Hindari memanen saat hujan deras atau siang hari terik karena daun mudah layu. Waktu terbaik adalah pagi hari antara pukul 06.00-09.00 saat kadar air optimal.
Cara panen: gunakan pisau tajam atau gunting steril untuk memotong batang sekitar 5-10 cm di atas permukaan tanah. Pilih daun yang sehat dan tidak terserang hama. Panen dapat dilakukan bertahap dengan memetik pucuk atau daun muda, atau sekaligus dengan memotong seluruh batang. Untuk panen berkelanjutan, sisakan 2-3 ruas batang bawah agar tanaman bisa tumbuh kembali. Setelah panen, segera cuci daun dengan air mengalir dan tiriskan.
Hasil panen pohpohan dapat langsung dikonsumsi atau disimpan di lemari es dalam wadah tertutup selama 2-3 hari. Untuk penyimpanan lebih lama, daun bisa dikeringkan atau diolah menjadi sayur bening. Produktivitas tanaman pohpohan cukup tinggi; satu pohon bisa menghasilkan 100-200 gram daun segar per panen. Dengan perawatan rutin seperti penyiraman dan pemupukan organik, panen bisa dilakukan setiap 2-3 minggu sekali.