Salah satu ancaman utama saat musim hujan adalah penyakit busuk basah yang disebabkan oleh bakteri Pectobacterium carotovorum. Penyakit ini menular sangat cepat melalui percikan air hujan dan alat pertanian yang tercemar. Dalam waktu 24 hingga 48 jam, jaringan pangkal daun yang terinfeksi akan melunak, berair, dan mengeluarkan bau busuk yang khas, hingga akhirnya seluruh tunas tanaman hancur merata.
Selain infeksi bakteri, serangan cendawan seperti embun buluk (Downy Mildew) dan bercak daun Alternaria sering mengintai lahan pakcoy. Embun buluk ditandai dengan munculnya bercak kekuningan di permukaan atas daun dan lapisan kapang abu-abu di permukaan bawah. Jika dibiarkan tanpa tindakan sanitasi, spora cendawan ini sanggup menyebar ke seluruh bedengan dalam rentang waktu 3 hingga 5 hari saja.
Pengendalian penyakit pakcoy pada musim hujan membutuhkan pendekatan terpadu. Petani disarankan membuat bedengan setinggi 30 sampai 40 cm agar air tidak menggenang, menjaga jarak tanam 20x20 cm demi kelancaran sirkulasi udara, serta mengaplikasikan agens hayati secara rutin seminggu sekali. Penanganan sejak dini sangat kunci agar tanaman pakcoy siap dipanen pada umur 30 hingga 35 HST.