Pada pemupukan dasar, berikan pupuk kandang sapi atau kompos matang sebanyak 10 hingga 15 ton per hektar, atau sekitar 1 hingga 1,5 kg per meter persegi lahan pada 7 sampai 10 hari sebelum tanam. Campurkan pupuk organik secara merata dengan tanah hingga kedalaman 20 hingga 25 cm agar struktur tanah menjadi gembur. Tanah yang gembur dan kaya bahan organik sangat penting agar umbi lobak dapat membesar lurus tanpa hambatan fisik.
Memasuki pemupukan susulan pertama pada umur 14 hari setelah tanam, berikan unsur hara nitrogen dan fosfor dengan dosis terukur untuk merangsang pembentukan akar dan daun awal. Hindari pemberian pupuk nitrogen berlebih karena dapat menyebabkan pertumbuhan daun terlalu rimbun tetapi pembentukan umbi menjadi terhambat atau berkayu. Lakukan penyiangan dan pembumbunan ringan di sekitar pangkal batang saat mengaplikasikan pupuk susulan ini.
Pemupukan susulan kedua dilakukan pada umur 28 hingga 30 hari setelah tanam, di mana fokus hara dialihkan pada unsur kalium tinggi untuk memicu pembesaran dan pemadatan umbi lobak. Di musim hujan, tingkatkan pemantauan terhadap drainase agar pupuk tidak tercuci air hujan, sedangkan di musim kemarau, lakukan penyiraman secara teratur 1 sampai 2 kali sehari setelah pemupukan agar hara dapat terserap sempurna oleh akar.