Penyakit bercak daun Alternaria merupakan salah satu masalah utama yang sering muncul 3 hingga 5 hari setelah curah hujan tinggi terus-menerus. Gejala awal ditandai dengan munculnya bintik-bintik kecil berwarna cokelat yang membesar membentuk lingkaran konsentris pada daun tua. Pengelolaan drainase lahan dengan membuat bedengan setinggi 30 hingga 40 cm sangat efektif untuk mencegah air menggenang dan menurunkan kelembapan mikro di sekitar tanaman.
Selain jamur, serangan bakteri seperti Xanthomonas campestris penyebab busuk hitam dan Pectobacterium carotovorum penyebab busuk lunak sering mengintai tanaman lobak. Bakteri ini masuk melalui luka mekanis akibat percikan air hujan atau gigitan hama, lalu menyebabkan jaringan umbi melunak dan berbau busuk. Melakukan rotasi tanaman dengan komoditas non-Brassicaceae setiap 2 hingga 3 musim tanam secara konsisten mampu memutus siklus hidup patogen tanah tersebut.
Pencegahan terpadu dapat dimulai sejak pengolahan tanah dengan mengaplikasikan agens hayati Trichoderma sp. sebanyak 10 hingga 20 gram per meter persegi bedengan. Jika pH tanah terukur di bawah 6,0, pemberian kapur pertanian sebanyak 100 hingga 200 gram per meter persegi wajib dilakukan 2 minggu sebelum tanam. Penyemprotan biopestisida rutin setiap 5 hingga 7 hari sekali pada musim hujan akan membantu menjaga kesehatan lobak hingga masa panen tiba.