Penyebab utama timbulnya penyakit pada jamur tiram umumnya berasal dari proses sterilisasi baglog yang kurang sempurna, yaitu pembukaan kumbung saat suhu belum mencapai 100 derajat Celsius selama 8 hingga 10 jam. Selain itu, teknik penyiraman yang berlebihan hingga air menggenang di mulut plastik baglog memicu pembusukan. Spora asing dari luar kumbung juga sangat mudah masuk melalui pakaian petani atau aliran udara yang tidak tersaring dengan baik.
Langkah pencegahan terbaik dimulai dengan membenahi sanitasi lingkungan kumbung secara berkala. Pembersihan lantai kumbung menggunakan taburan kapur pertanian sebulan sekali sangat efektif menekan kelembapan berlebih dan membunuh spora liar. Selain itu, aturlah sirkulasi udara dengan membuka ventilasi kumbung selama 30 hingga 60 menit pada pagi hari untuk menurunkan kelembapan yang terlalu pekat akibat hujan malam hari.
Jika baglog sudah menunjukkan gejala terserang penyakit, tindakan penanganan cepat harus segera dilakukan dalam waktu kurung 24 jam. Pisahkan baglog yang bergejal dari rak utama agar kontaminasi tidak menyebar ke ribuan baglog lainnya. Untuk serangan ringan, pembersihan fisik dapat dilakukan, sedangkan serangan berat memerlukan pemusnahan baglog secara dibakar atau ditimbun di lokasi yang jauh dari area budidaya.