Lalat jamur seperti spesies Sciarid dan Phorid merupakan hama utama yang hinggap pada media baglog untuk meletakkan telur. Larva yang menetas akan menggerogoti miselium di dalam baglog serta memakan batang muda jamur tiram yang baru tumbuh (pinhead). Pembudidaya perlu membersihkan sisa-sisa tangkai panen setiap hari agar tidak memicu kedatangan lalat penjelajah ini.
Pemasangan kain kasa tipis berukuran 50 mesh pada ventilasi kumbung serta penggunaan perangkap kuning berperekat sebanyak 1 unit per 10 meter persegi sangat efektif menekan populasi lalat dewasa. Langkah fisik ini terbukti meredam ledakan populasi hama tanpa mengotori badan jamur tiram yang sensitif terhadap racun kimia.
Jika serangan hama memburuk, penyemprotan bahan hayati atau pestisida nabati berbahan ekstrak daun mimba atau bawang putih dapat dilakukan 1 kali seminggu pada dinding dan lantai kumbung. Hindari menyemprotkan cairan apapun secara langsung ke tudung jamur yang siap panen untuk menjaga kualitas dan keamanan pangan konsumen.