Masalah utama yang sering dijumpai petani saat kemarau adalah perubahan warna daun menjadi kuning. Kekurangan unsur hara nitrogen terjadi apabila pemupukan dasar organik kurang dari 10 ton per hektar, ditandai dengan klorosis merata pada daun-daun tua di bagian bawah. Selain itu, gejala klorosis antar tulang daun tua sering muncul pada fase pembentukan buah, yaitu umur 35 hingga 50 hari setelah tanam, akibat kekurangan hara magnesium yang terhambat serapannya saat tanah terlalu kering.
Suhu dingin di malam hari yang dikombinasikan dengan cuaca terik di siang hari pada musim kemarau menjadi lingkungan ideal bagi pembiakan hama hisap seperti kutu kebul (Bemisia tabaci) dan tungau merah. Kutu kebul bertindak sebagai vektor utama penularan virus Gemini yang mampu mengubah helai daun hijau menjadi kuning cerah secara menyeluruh hanya dalam waktu 7 hingga 14 hari setelah terinfeksi, sehingga menghentikan proses fotosintesis secara total.
Untuk mengatasinya, manajemen pengairan yang tepat sangat krusial dengan mengalirkan air sebanyak 2 hingga 3 liter per tanaman setiap dua kali sehari, yakni pukul 06.00 pagi dan 16.00 sore. Penggunaan mulsa jerami setebal 5 hingga 10 cm atau mulsa plastik hitam perak di atas guludan seluas 80 cm x 30 cm terbukti mampu menurunkan suhu perakaran sebesar 3 hingga 5 derajat Celsius sekaligus menahan kelembapan tanah agar daun tetap hijau segar.