Pencegahan hama gambas diawali dari pengelolaan lahan yang benar sebelum masa tanam. Penggunaan mulsa plastik hitam perak seluas lebar bedengan 120 cm serta pengaturan jarak tanam ideal 50 x 70 cm sangat efektif menekan kelembapan dan memantulkan sinar matahari. Selain itu, pembuatan saluran drainase setinggi 30 cm mencegah genangan air pada musim hujan yang sering memicu perkembangan pupa lalat buah di dalam tanah.
Langkah pengendalian mekanis dilakukan secara aktif selama fase vegetatif dan generatif yang berlangsung sekitar 35 hingga 90 hari setelah tanam. Pembungkusan buah gambas muda berukuran panjang 5 cm menggunakan kertas tahan air atau plastik berlubang terbukti ampuh mencegah sengatan lalat buah. Pemasangan perangkap atraktan sebanyak 20 hingga 30 titik per hektar juga wajib dilakukan sejak bunga pertama mekar untuk menekan populasi lalat jantan.
Apabila populasi hama melebihi ambang batas ekonomi, lakukan penyemprotan biopestisida berbahan aktif minyak mimba atau ekstrak gadung setiap 5 sampai 7 hari sekali. Hindari penggunaan pestisida kimia sintetis secara berlebihan agar tidak membunuh serangga penyerbuk alami seperti lebah. Lakukan pergiliran tanaman dengan jenis non-Cucurbitaceae selama 2 hingga 3 musim tanam untuk memutus siklus hidup hama secara berkelanjutan.