Penyakit downy mildew disebabkan jamur Peronospora parasitica. Gejalanya: bercak kuning di permukaan atas daun, bagian bawah daun berbulu putih keunguan. Serangan parah membuat daun menguning, layu, dan rontok. Penyakit ini menyebar cepat saat kelembapan >90% dan suhu 10-20°C. Pada musim hujan di dataran tinggi (misal Jawa Barat), risiko sangat tinggi.
Penyakit damping-off (rebah kecambah) sering menyerang bibit arugula. Gejala: batang dekat permukaan tanah menjadi lembek, berair, lalu roboh. Penyebabnya jamur Rhizoctonia solani atau Pythium spp. Biasanya terjadi karena media tanam terlalu basah, drainase buruk, atau benih terlalu rapat. Bakteri leaf spot (Xanthomonas campestris) menimbulkan bercak coklat hitam dengan halo kuning, bentuk tidak teratur, dan bisa membuat daun berlubang.
Pencegahan adalah kunci: gunakan benih sehat, jaga jarak tanam 10-15 cm, hindari penyiraman berlebihan (cukup 2-3 kali seminggu pagi hari), perbaiki drainase, dan rotasi tanaman (tanam daun lain seperti kangkung atau bayam setelah arugula). Jika sudah terlanjur, segera buang tanaman sakit (jangan kompos), semprot fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb untuk jamur (baca label), untuk bakteri semprot bakterisida berbahan tembaga. Konsultasi ke BPP setempat untuk dosis tepat.